自助建站的弊病有以下几点：
　　 1、最大的问题当属不能直观修改代码，模板建站会产生冗长的垃圾代码，而且每个页面的代码又极为相似，网站的内容不容易在网络上散布，只能改变内容，框架没法动，建不出个性化的网站，这样很不利于Google、Yahoo、Baidu等搜索引擎搜索，对于网站推广极为不利。
　　 2、网站风格千篇一律，似曾相识；很难树立提高企业形象，也许你打开的网站有几百几千个跟你一样，确定是让人不舒服。
　　 3、很多自助建站是公用的空间及数据库，安全性无法保证，根本没有什么表结构，也无法看到数据库表，直接跟空间绑定在一起的，不能独立出来。
　　 4、对于今后网站功能扩展，无法支持，所有东西都是做定了的，根本无法预留接口，从而让以后来扩展它。
　　 5、如果是几页的小规模网站，自己动手添加信息还可以，如果网站内容较多，产品种类繁多，一页页添加是一件很烦心的事情，做过的人大都深有体会，不能智能化的增加，不能完全实现数据库开发所要实现的东西。
自助建站模式的缺点在于：
　　 1、所建网站缺乏个性且功能简单
大多数自助建站工具将建站的快慢作为衡量标准，提出了"一分钟建站"的口号。一分钟建好一个网站，在技术上并不困难，但用户不禁会问：一分钟建好的网站好看吗？风格有个性吗？网站好用吗？功能强大吗？
　　 2、不能自由地移植用户网站
由于建站、管理和维护工作必须在服务商的网站上完成，因此用户的网站也被捆绑在该公司的服务器上，用户网站不能自由地移植，限制了用户自由选择的权利。
　　 3、不能灵活地扩展网站功能
自助建站工具的功能模块是固定提供的，用户不能对其进行剪裁、或设置、或组合，更谈不上对其进行二次开发，或自由地导入自己开发的网站功能模块。
　　 4、不能随意地编辑网页模板
对于选用的网站模板，用户无法对其进行独立、随意地编辑，更不能导入自定义的模板，利用这样的技术制作网站，往往是一个呆板而雷同的网站，难以让人接受。